В 17 веке Илийская долина стала политическим и религиозным центром Джунгарского ханства.
На северном берегу реки был основан город Кульджа (от ойратского Гулз - горный баран), а на южном – город Хайнук (ойр. - як). Оба были разрушены в ходе джунгаро-маньчжурской войны в 1756 году.
Город Хайнук имел прямоугольную форму и был вытянут с севера на юг на 2 км (делился на внутренний и внешний). От городских стен осталась небольшая каменная гряда. Сохранился фундамент зданий, ступ и храма, который ойраты называли Мөңгн дееврте сюме (храм с серебряной крышей).
В городе были найдены керамические изделия времен Юань и Мин, а также медные и железные орудия труда. В 1972 году был найден бронзовый буддийский кинжал длиной 40 см и шириной 4,5 см, с четырьмя канавками на каждой стороне лезвия и тигровыми узорами, вырезанными на обоих концах лезвия.