После смерти Абулхаира ханом Младшего и части Среднего жузов был избран его старший сын Нуралы, а часть Младшего жуза возглавил султан Батыр. Таким образом, объединение Младшего жуза, достигнутое энергичными усилиями Абулхаира, вскоре было нарушено.
Российское правительство дало указание оренбургскому губернатору И. Неплюеву привести Нуралы к присяге, что и произошло 10 июля 1749 г.
В Младшем жузе утвердилось два самостоятельных хана: в северо-западной части — Нуралы, а в северо-восточной — Батыр. Россия поддерживала связи только с ханом Нуралы.
В 1735 г. башкиры выступили против расширяющейся колониальной политики России. Чтобы спастись от карательных сил, около 50 000 башкир перекочевали в пределы Младшего жуза. Множество семей восставших башкир нашли убежище в казахских аулах, несмотря на грозные предписания Оренбургской администрации, а позднее вернулись в родные места.
После смерти видного полководца Галдан-Цэрэна (1745 г.) враждебные действия джунгар против казахов ослабли, и реальная угроза порабощения ими казахских земель была устранена. Однако и в середине XVIII в. джунгары совершили ряд разорительных набегов в места расположения российских горнозаводских предприятий, что вызвало обоснованную тревогу Сибирской пограничной администрации. В этих условиях, чтобы обезопасить заводы и рудники, с одной стороны, а с другой — продолжить колонизационное освоение богатого природными ресурсами края, указом Елизаветы Петровны с 1747 г. все демидовские заводы и рудники были объявлены собственностью династии Романовых.
Весной 1755 г., после необходимых приготовлений, маньчжуро-цинские войска нанесли джунгарам поражение, поставившее под угрозу само существование государства. Один из претендентов на джунгарский престол, Амурсана, пытался с помощью цинских войск стать правителем в своем отечестве. Но, потерпев поражение, был вынужден искать убежище у султана Абылая.
В 1756—1758 гг. Джунгария была окончательно разгромлена: 4/10 ойратов умерли от болезней, 2/10 бежали в Россию, 3/10 погибли на поле брани. Под натиском китайцев несколько тысяч обездоленных ойратских семей бежали на Волгу к своим единоплеменникам — калмыкам. На своем пути они подвергались нападениям казахов, стремившихся отомстить за разбой джунгар в “Годы Великого бедствия“.
Так, в 1758 г. Джунгария прекратила свое существование как самостоятельное государство и в 1761 г. была превращена в Цинское имперское наместничество под названием Синьцзян (“Новая граница“).