Прототип: Прохождение без комментариев часть 2 История Алекса Мерсера

Протагонист игры — молодой человек Алекс Мерсер. Он приходит в себя в морге в штаб-квартире корпорации «Гентек», расположенной на Манхэттене, в тот момент, когда его пытаются вскрыть. Когда Мерсер покидает здание, ему пытаются помешать бойцы спецподразделения «Чёрный Дозор» (англ. Blackwatch), Алекс обнаруживает у себя сверхчеловеческие способности, такие, как практическая неуязвимость к пулям, способность высоко прыгать, метать тяжёлые предметы, бегать по стенам зданий и «поглощать» людей, принимая их облик и «видя» их важные воспоминания. Так же у него есть способность мутировать — трансформировать своё тело, тем самым превращая свои конечности в смертоносное оружие