Долгое время четверка ниндзя-черепах пряталась в недрах нью-йоркских канализаций, где мудрый наставник – крыса Сплинтер, обучал их мастерству ниндзя. Кроме молодой и очень активной журналистки Эйприл, зеленые братья ни с кем больше не контактировали и практически не покидали своего убежища. Однако ситуация изменилась, когда в городе появились опасные мутанты, сеющие разрушение и хаос. Пришло время устроить злодеям кавабангу!