Sonic & Knuckles

В предыдущей игре главный герой ёж Соник вновь одержал победу над злодеем доктором Роботником и предотвратил запуск его боевой космической станции «Яйцо Смерти». Взрывная волна отбросила Соника обратно на Парящий остров, а сама станция, уцелев, приземлилась в кратер огромного вулкана. Главный герой, оказавшись в глухом лесу, видит выходящего из прохода в зарослях хранителя острова ехидну Наклза. В проходе Соник обнаружил большое сияющее Супер Кольцо, которое на короткое время перенесло его в огромный зал, где покоился Главный Изумруд Хаоса. Соник понимает, что должен защитить Главный Изумруд от доктора Роботника, потому что в руках злодея эта магическая реликвия станет источником неиссякаемого топлива для «Яйца Смерти». Однако на пути к камню Сонику предстоит столкнуться с Наклзом, который по-прежнему считает ежа своим врагом, посягнувшим на Изумруды Хаоса. В зависимости от выбора игрового персонажа игрок получает две разных сюжетных линии. Соник держит путь через неизведанные территории Парящего острова, на которых доктор Роботник разместил свои боевые машины. Путешествие приводит Соника в пещеры под вулканом, в кратере которого находится станция «Яйцо Смерти». Через эти пещеры Соник добирается до Тайного дворца с Главным Изумрудом, однако там он вновь сталкивается с Наклзом и между героями завязывается бой. Тем временем, доктор Роботник проникает в Тайный дворец и похищает Главный Изумруд. Поняв, что Соник на его стороне, Наклз помогает ему добраться до портала, перемещающего их к древним парящим в облаках руинам, откуда они наблюдают за поднимающимся в небо «Яйцом Смерти». Соник в одиночку преодолевает древние руины, сражаясь с роботами-миньонами эгг-робо и роботизированной копией самого себя — Меха Соником. Добравшись до вершины руин, главный герой успевает запрыгнуть в улетающее на орбиту «Яйцо Смерти». Он доводит станцию до разрушения и вступает в финальную битву с огромным роботом доктора Роботника, использующим силу Главного Изумруда. После уничтожения робота и «Яйца Смерти», Соник вместе с Главным Изумрудом падает в океан, но его спасает лисёнок Тейлз на своём самолёте «Торнадо». Если игрок собрал все Изумруды Хаоса в Sonic & Knuckles, он получает две дополнительных концовки: персонажи отвозят Главный Изумруд обратно на Парящий остров и тот поднимается в небеса, а в сцене после титров показано, как один из кучи поверженных роботов Эгг-Робо «оживает». Сюжетная линия ехидны Наклза развивается после истории Соника, когда Наклз, расслабляющийся в компании зверей в грибном лесу, оказывается атакован ЭггРобо. Долг Наклза как хранителя Парящего острова — противостоять всем чужакам, и он немедленно пускается в погоню за этим роботом. Наклз путешествует по тем же местам острова, что и Соник, уничтожая боевые машины доктора Роботника и периодически сражаясь с Эгг-Робо. Погоня заканчивается на площадке заоблачных руин, где Эгг-Робо хватает Наклза в плен, делая лёгкой мишенью для другого робота — Меха Соника. Однако Наклз успевает высвободиться и Меха Соник по ошибке уничтожает самого Эгг-Робо. Между ехидной и металлическим ежом завязывается битва, в ходе которой Меха Соник использует энергию находящегося рядом Главного Изумруда Хаоса и принимает супер-форму. Когда Наклз побеждает робота, руины в облаках начинают обрушиваться, но на помощь ехидне приходит Соник, управляющий своим самолётом «Торнадо». Вместе они отвозят Главный Изумруд обратно на Парящий остров. Если игрок не собрал все семь Изумрудов Хаоса, то остров опускается с небес на поверхность воды.