- анонс игры (1990)

Потерпев поражение от Мегамена дважды, Доктор Уайли пересмотрел свои взгляды и вновь объединился с доктором Лайтом. Их совместный проект, гигантский робот под названием «Гамма» должен был стать новым защитником мирной жизни людей. Уайли создал восемь новых робот-мастеров, которые были отправлены в различные планеты для поисков источника энергии для «Гаммы», но в ходе отправки они перестали подчиняться и сошли с ума. Узнав об этом, доктор Лайт отправил Мегамена на устранение новой угрозы в лице этих роботов. Однако теперь Мегамен получил пса-робота по имени Раш (Rush), способного трансформироваться в различный транспорт. В игре появляется новый персонаж — Протомен(Protoman), первый робот доктора Лайта и старший брат Мегамена, сбежавший от своего создателя. Он появляется на 4-х уровнях игры и испытывает Мегамена на прочность в поединках. Позже выясняется, что потеря контроля над роботами была лишь отвлекающей уловкой Уайли, а сам доктор похитил «Гамму» для захвата мира. Кроме того, он подверг реконструкции восемь робот-мастеров из прошлой части. Теперь Мегамен в очередной раз должен остановить доктора Уайли, одержимого идеей захвата мира.